В 2004 году Азиз Батукаев был осужден на четыре года за хранение оружия и наркотиков. Через год в колонии, где он отбывал наказание, произошли беспорядки, в ходе которых заключенные убили депутата Тынычбека Акматбаева, приехавшего в исправительное учреждение с проверкой. Аламудунский районный суд признал Батукаева виновным в организации массовых беспорядков, незаконном изготовлении и хранении оружия и приговорил его к 16 годам и 8 месяцам колонии строгого режима.
После подавления бунта и перевода Батукаева в другую колонию в прессу попали фото тюремного быта заключенного — на территории колонии ИК-31 у него был дом с огородом, где он жил вместе со своей женой и свахой, выращивал коноплю и хранил оружие.
9 апреля 2013 года у Батукаева диагностировали острый лейкоз, на основании чего он был досрочно освобожден. На следующий день он получил паспорт и уехал в столицу Чечни Грозный.
23 апреля 2013 года омбудсмен Турсунбек Акун опубликовал обращение 12 врачей-гематологов, которые утверждали, что «на тот момент у заключенного не было подозрения на лейкоз», а врач по фамилии Эралиева, которая обследовала Батукаева, о якобы поставленном ему диагнозе узнала от зятя директора Кыргызского научного центра гематологии.
24 апреля 2013 года член депутатской комиссии по расследованию досрочного освобождения Равшан Жээнбеков сообщил, что паспорт Батукаеву выдали незаконно, а в мае комиссия заявила, что освобождение Батукаева стало результатом сговора Минздрава, Государственной службы исполнения наказаний, Генеральной прокуратуры и Государственной регистрационной службы. В отставку ушли вице-премьер-министр Шамиль Атаханов, курировавший силовой блок, омбудсмен Турсунбек Акун и глава Государственной службы по исполнению наказаний Зарылбек Рысалиев.
17 апреля 2019 года Генпрокуратура возобновила дело о незаконном освобождении Азиза Батукаева. Как стало известно позже, это произошло, потому что МВД установило прямую причастность экс-президента страны Алмазбека Атамбаева к освобождению Батукаева. Представитель Атамбаева Сергей Слесарев заявил, что бывший президент имеет право не являться на допрос в МВД, поскольку он все еще обладает неприкосновенностью. 27 июня Парламент лишил Атамбаева статуса экс-президента и неприкосновенности, но Атамбаев на допрос так и не пришел.
8 августа 2019 года в ходе второго штурма резиденции Атамбаева в селе Кой-Таш бывший президент был задержан.